大家好，我是邓飞，今天介绍一下TwoSampleMR包如何设置token，从而可以使用数据库的数据进行孟德尔随机化的分析。

1，安装TwoSampleMR包

这个包在github上面，之前流行用devtools包安装github上的R包，但是devtools本身就特别难安装，好在现在有了 remotes包，这个包比较好安装，进而github上面的包也比较好安装了。

# install.packages("remotes")library(remotes)install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

将上面的代码贴到Rstudio中执行，就可以了。如果显示没有 remote包，就把注释去掉，再运行就行了。

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2， 运行MR示例数据

library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)# Perform MR

然后发现报错了：

> library(TwoSampleMR)TwoSampleMR version 0.6.8 载入程辑包：'TwoSampleMR’The following object is masked from 'package:remotes’:    add_metadata> # List available GWASs> ao <- available_outcomes()Error in `dplyr::bind_rows()`:! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.

报错的信息是：Error in dplyr::bind_rows():! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.

看起来是dplyr的错，其实不是，继续运行看看能不能读取ieu的数据：

> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')

现在的报错信息是：> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零

忧伤，如果你以为自己是R语言大神，想从R语言包安装的角度，包冲突的角度去解决问题，最后很大可能是 砸电脑！！！

正确的解决方法，是查看官网，如果你把报错信息贴到网上面，大概率也是找不到答案，因为之前TwoSampleMR还没有这个问题，网上的东西是互相抄，庄闲和游戏网垃圾信息满天飞，第一手资料永远是官网。

https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html

里面有一句话：

From 1st May 2024, most queries to the OpenGWAS API will require user authentication. For more information on why this is necessary, see this [blog post](https://blog.opengwas.io/posts/user-auth-spring-2024/).

{jz:field.toptypename/}

从2024年5月1号，TwoSampleMR包需要设置token之后，才可以访问数据库，所以，下面就是如何设置token的问题了。

3，TwoSampleMR设置token

官方推荐方案：

A：更新你的R包

Please update your TwoSampleMR and ieugwasr packages - you can use the following command to do this.

建站客服QQ：88888888

install.packages("TwoSampleMR", repos = c("https://mrcieu.r-universe.dev", "https://cran.r-project.org"))

B：设置token

Then you need to obtain an OPENGWAS_JWT token - see the ieugwasr documentation https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html - and store it in your .Renviron file - then restart R.

Login to https://api.opengwas.io/profile/

Generate a new token

Add OPENGWAS_JWT=<token> to your .Renviron file. This file could be either in your home directory or in the working directory of your R session. You can check the location of your .Renviron file by running Sys.getenv("R_ENVIRON_USER") in R.

Restart your R session

To check that your token is being recognised, run [ieugwasr::get_opengwas_jwt()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/get_opengwas_jwt.html). If it returns a long random string then you are authenticated.

To check that your token is working, run [user()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/user.html). It will make a request to the API for your user information using your token. It should return a list with your user information. If it returns an error, then your token is not working.

下面，我将上面的步骤，结合我自己的成功操作过程，介绍一下，跟着我的步骤，你也肯定能搞定啦！

3.1 登录opengwas，注册一下

登录注册，用github账号，https://api.opengwas.io/profile/

3.2 创建token

按照下面的截图就能搞定。

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把token复制一下。

3.3 在R语言中检测是否有token

如果之前没有设置过，肯定是没有的。

 Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")

我的返回结果：

> Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")[1] ""

可以看到，没有设置。

那就需要在文档文件夹中，新建一个.Renviron文件

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3.4 把token放到新建的.Renviron文件中

OPENGWAS_JWT="这里粘贴你的token"
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3.5 重启R语言（必须）

重启R语言，然后键入下面代码，测试token是否设置成功：

## 测试token是否有效library(ieugwasr)user()

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可以看到个人的信息，就设置成功了。

4. 测试MR示例数据

library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP, outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat, outcome_dat)# Perform MRres <- mr(dat)

运行结果：

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作图结果：

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这就搞定了。

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