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前情提要 图片 并且基于pbmc3k的数据,使用Dotplot进行可视化和简单调整。这期一起来了解一下,使用Dotplot参数调整美化结果,以及基于ggplot2进行可视化 图片 Dotplot可视化及美化 示例数据为pbmc-3k的注释分群后的数据,使用FindAllMarkers查找并获取top5的Marker基因进行可视化 #top5marker基因获取pbmc.markers-FindAllMarkers(pbmc,only.pos=TRUE,min.pct=0.25,logfc.th
前情提要 上期的推文VlnPlot结果及常用参数浅析整理介绍了一下小提琴图可视化marker基因,在结尾简单介绍了一下可用于美化可视化结果的参数。 图片 这期我们就一起来使用一下这些参数,绘制更好看的小提琴图叭! 分析数据简介 因为分析中需要用到分组信息,而pbmc3k的数据集是单个样品,没有包含分组信息。所以这期的示例数据换为ifnb.SeuratData的数据集 建站客服QQ:88888888 ifnb.SeuratData数据降维聚类分群的内容见推文——ifnb数据集分析及注释对比 最后
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