庄闲和游戏网 胃癌单细胞数据集GSE163558复现（一）：数据下载、整理与读取
2026-01-14{jz:field.toptypename/}建站客服QQ：88888888 图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。接下来的一段时间里，将由我开启一个新的学徒分享系列，给大家系统整理单细胞测序的代码。此系列包括但不限于以下内容：数据下载与读取；质控和去批次；降维聚类；分群注释；差异分析；富集分析；拟时序分析；细胞通讯；CopyKAT。 基本囊括了单细胞测序常规分析的所有方法，特别适合新手及入门者系统学习。因此，欢迎大家持续追更，关注公众号，点赞+评论+收
庄闲和游戏 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(三)：细胞分群注释
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第三期。第二期我们走了Seurat V5标准流程，利用harmony整合去批次后，按标准流程进行了降维聚类分群。本期，我们将在第二期基础上选择合适的分辨率，对细胞亚群进行注释。 1背景介绍 Bulk转录组的诞生，使我们能够快速的获取组织和细胞大量的RNA-seq数据。相较于传统的RNA检测方法（pcr），这种高通量测序手段更高效，数据维度更高，数据量更大。但是，组织中包
庄闲和 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(五)：细胞比例
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第五期。第四期，我们使用了DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多种函数对细胞群和基因进行了可视化。本期，我们将绘制饼图、堆积柱状图、箱线图、气泡图等，比较不同分组之间细胞比例差异。 1.背景 在细胞分群命名完成之后，我们可以比较不同样本和分组之间细胞比例的差异。细胞发生癌变、肿瘤细胞转移、药物治疗等刺激因素，都会导致肿瘤微环境中细
图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第六期。第五期我们通过绘制饼图、堆积柱状图、气泡图等，比较不同分组之间细胞比例差异。本期，我们将下载胃癌bulk数据（TCGA-STAD），筛选胃癌相关差异表达基因，根据差异基因list，使用AddModuleScore_UCell函数给上皮细胞亚群Seurat对象添加恶性评分，以此协助区分正常上皮和恶性上皮。 1.背景介绍 众所周知，胃癌细胞是胃上皮细胞发生了恶性病变
庄闲和游戏 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(七)：评估恶性上皮细胞增殖及迁移能力
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第七期。第六期我们根据TCGA数据库中胃癌和正常胃组织之间的差异表达基因，定义了每个上皮细胞的恶性和非恶性评分。本期，我们将分析恶性上皮细胞G0-G4的Marker基因并绘制热图和小提琴图，此外，我们还将使用AddModuleScore_UCell函数计算细胞的增殖和迁移评分。 建站客服QQ：88888888 1.背景介绍 细胞增殖是生物体的重要生命特征，细胞以分裂的方
庄闲和游戏网 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(八)：拟时序分析
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第八期。第七期我们使用AddModuleScore_UCell函数计算细胞的增殖和迁移评分。本期，我们将使用monocle2进行拟时序分析。 1.背景介绍 系列推文前七期，我们共同学习了单细胞测序的基础分析，从第八期开始，我们将陆续学习拟时序分析（Pseudo-Temporal Analysis），“Copykat”分析及细胞通讯等高级分析。 疾病是一个动态变化的过程，
庄闲和 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(十)：CopyKAT分析
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第十期。第九期我们用TCGA-STAD数据进行生存分析。本期，我们将回到高级分析（CopyKAT分析），通过计算CNV评估上皮细胞良恶性。 1.背景介绍 在第六期推文中，我们联合TCGA-STAD数据给上皮添加了恶性评分，从而协助区分肿瘤细胞与非肿瘤细胞。在高级分析中，我们可以利用inferCNV和CopyKAT对单细胞进行CNV(Copy number variati
庄闲和游戏网 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(十一)：T细胞亚群细分
2026-01-14{jz:field.toptypename/} 图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第十一期。第十期我们使用通过CopyKAT分析计算CNV评估上皮细胞良恶性。本期，我们将对T细胞亚群进行细分。 1.背景介绍 德国哲学家莱布尼茨说过:“世上没有两片完全相同的树叶。”物种是有其多样性的。对于细胞来说同样如此。从理论上讲，我们可以对细胞亚群进行无限分群。在初次分群时，可以不断调整分辨率，同样在细胞注释之后，我
庄闲和游戏 胃癌单细胞数据集GSE163558复现(十二)：细胞通讯
2026-01-14图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第十二期。第十一期使用singleR对T细胞亚群进行细分。本期，我们将进入胃癌复现的最后一章，“细胞通讯”。 1.背景介绍 肿瘤微环境中细胞类型、数量以及功能一直处于动态变化的过程，各类型的细胞组成了一个有序的统一体，而细胞之间频繁的“互动”维持着统一体的动态平衡。这种互动不仅存在于同类型细胞之间，存在与不同类型的细胞间，甚至是单个细胞的不同时间维度上。我们把这种互动，
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