{jz:field.toptypename/}建站客服QQ：88888888 图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。接下来的一段时间里，将由我开启一个新的学徒分享系列，给大家系统整理单细胞测序的代码。此系列包括但不限于以下内容：数据下载与读取；质控和去批次；降维聚类；分群注释；差异分析；富集分析；拟时序分析；细胞通讯；CopyKAT。 基本囊括了单细胞测序常规分析的所有方法，特别适合新手及入门者系统学习。因此，欢迎大家持续追更，关注公众号，点赞+评论+收

图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第三期。第二期我们走了Seurat V5标准流程，利用harmony整合去批次后，按标准流程进行了降维聚类分群。本期，我们将在第二期基础上选择合适的分辨率，对细胞亚群进行注释。 1背景介绍 Bulk转录组的诞生，使我们能够快速的获取组织和细胞大量的RNA-seq数据。相较于传统的RNA检测方法（pcr），这种高通量测序手段更高效，数据维度更高，数据量更大。但是，组织中包

图片 作者按 大家或许都曾被Nature, Science上的单细胞umap图吸引过，不免心生崇拜。在这里，我们将介绍一种简单方便的顶刊级umap图可视化 全文字数|预计阅读时间: 2000|5min {jz:field.toptypename/} ——Starlitnightly（星夜） 环境加载 我们先导入一些必须的依赖包 importomicverseasovimportscanpyasscimportmatplotlib.pyplotaspltov.ov_plot_set() ____

图片 前言 Hello小伙伴们大家好，我是生信技能树的小学徒”我才不吃蛋黄“。今天是胃癌单细胞数据集GSE163558复现系列第五期。第四期，我们使用了DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多种函数对细胞群和基因进行了可视化。本期，我们将绘制饼图、堆积柱状图、箱线图、气泡图等，比较不同分组之间细胞比例差异。 1.背景 在细胞分群命名完成之后，我们可以比较不同样本和分组之间细胞比例的差异。细胞发生癌变、肿瘤细胞转移、药物治疗等刺激因素，都会导致肿瘤微环境中细